新《刑事诉讼法》与《民事诉讼法》于2013年1月1日实施。两大诉讼法的修改均涉及了有关鉴定的内容，由于新刑诉法与新民诉法在案件性质、法律关系、当事人权利选择等方面存在显著不同，因此立法者根据两大诉讼法的不同对有关鉴定的内容也作了不同规定，但是，这些新规定是否有助于鉴定制度在两大诉讼法中的良性运行，值得探讨，笔者就其中两个制度进行思考。
一、鉴定人不出庭的作证的后果
程序性制裁既能对实施违法行为者获得的利益进行剥夺，也能对受害人受到的损害进行补偿，有利于实现制裁作为一种责任机制所应具有的双重功能。
两大新诉讼法明确了非法证据排除规则：对于经法庭通知应当出庭的鉴定人，如果无正当理由不出庭的，鉴定意见不得作为定案依据。这是我国对程序性制裁的首次规定，有助于我国两诉讼程序的有序运行，也将严格规范公安司法机关和鉴定人的诉讼行为，但两部诉讼法对此后果规定有所区别。新民诉法中规定：支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用。对此，新刑诉法并未加以规定。根据新民诉法的规定，对于案件中的专业问题需要鉴定的的，当事人可以申请法庭委托鉴定，法庭认为有必要的，也可以自行委托鉴定。因为民事诉讼涉及的为私权纠纷，因而无论是法庭主动委托的，还是依申请委托鉴定的，其费用一般均由当事人承担。在鉴定意见存在争议的情形下，如果鉴定人不出庭作证，当事人委托鉴定的目的就没有达到，而他却为此履行了义务——支付了相应的费用，而却没有享受到相应权利——鉴定人出庭。在这种情况下，当事人的权利义务没有得到统一，反而还据此可能遭受不利诉讼后果，因此，当然有权要求退还其支付的鉴定费用。
在刑事诉讼中，当事人仅仅有鉴定请求权，鉴定的启动权依然为公安司法机关所独占。但是，基于控诉机关的客观性义务，其不仅有收集证明犯罪嫌疑人、被告人有罪、罪重等证据，也负有收集证明犯罪嫌疑人、被告人无罪、罪轻等证据。因此，在委托鉴定的情形下，其费用也应由控诉机关承担。即使鉴定人没有出庭作证，强大的控诉机关也应独自承担由此造成的不利后果，其支付费用也不应返还，以增加控诉机关的义务，督促其履行职责，在一定程度上平衡控辩双方的力量。
二、鉴定人的保护
两大新诉讼法对鉴定人出庭制度都进行了规定，并且为保障鉴定人能够准时出庭，两大诉讼法还明确了不出庭将承担的法律后果。这是鉴定人向法庭依法履行的义务，与此相对，法庭也应当保护鉴定人因此所享有的权利，包括人身权利，尤其是要防止鉴定人因履行义务可能遭受的权利损失。对此，新刑诉法第六十二规定：“对于危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质的组织犯罪、毒品犯罪等案件，证人、鉴定人、被害人因在诉讼中作证，本人或者其近亲属的人身安全面临危险的，人民法院、人民检察院和公安机关应当采取以下一项或者多项保护措施：（一）不公开真实姓名、住址和工作单位等个人信息；（二）采取不暴露外貌、真实声音等出庭作证措施;（三）禁止特定的人员接触证人、鉴定人、被害人及其近亲属；（四）对人身和住宅采取专门性保护措施；（五）其他必要的保护措施。证人、鉴定人、被害人认为因在诉保中作证，本人或者其近亲属的人身安全面临危险的，可以向人民法院、人民检察院、公安机关请求予以保护。”也即，鉴定人如果因出庭可能遭受权利侵害的，公安司法机关可以对其采取必要的保护性措施。
而在新民诉法中，对于鉴定人的保护却没有加以规定。首先，从权利义务相统一的角度来看，新《民事诉讼法》明确规定对于法庭通知鉴定人出庭而无正当理由拒绝出庭作证的，该鉴定意见不得作为定案根据，并且对于当事人支付的鉴定费用，也可以要求返还。鉴定人出庭是向法庭履行的义务，在没有履行义务的情况下，其要承担不利诉讼后果。据此，立法也应当对鉴定人在义务履行过程中的权利予以保障，这是权利义务相统一的必然要求，立法不能强求鉴定人只履行义务而不享有相应的权利。
其次，从两大诉讼法的立法统一性来看。立法统一性要求不同法律之间要相互保持一致，避免法律之间相互矛盾，影响法律权威性。在鉴定人保护方面，诚然刑事案件性质恶劣，对鉴定人进行打击报复的可能性也更大，后果更严重，有必要对其进行保护。但在民事诉讼中，鉴定人出庭也必然会对控辩双方的一方或者双方诉讼利益造成影响，
而双方出于不正当的利益诉求都可能对鉴定人的人身、财产等权利进行侵犯，或是损害其名誉、或是对其进行威胁等。鉴定人因出庭可能遭受的损害，并不会因为诉讼性质的不同而减弱，更不会因为其处于不同的诉讼过程而不会遭受损害。因此，在民事诉讼中也有规定保护鉴定人的必要。
在司法实践中，控辩双方和法官经常出现只要遇有专业问题就进行鉴定的情况，因为法官可以通过鉴定避免错案的风险，进而导致诉讼中出现“泛鉴定化”现象。据此，在审判实践中有必要加强对鉴定意见的实质审查，以防止鉴定人越俎代庖，成为“科学的法官”，也防止因为错误、有瑕疵的鉴定意见作出错误的裁判，让所有的自由心证是建立在客观、准确的证据基础之上，以保障司法的实体公正。